AH Formatter / XSL Formatter
Q&A

これは、border width のデフォルト値の違いだと思われます。
border width プロパティのデフォルトは "medium" になります。 W3CのXSL-FO仕様の勧告では、この値はユーザエージェントに依存するとあります。 XSL Formatter では、初期値として以下の値を定義しています。

thin   = 1pt
medium = 3pt
thick  = 5pt

これらは、組版オプションで変更することが可能です。

FOP では border width が指定されていないときに 1pt が使用されています。 同じ結果を得るためには、widthを指定するのがよいでしょう。