AH Formatter / XSL Formatter
Q&A

これはインデントに限ったことではありません。意図しない書式になってしまう原因の大半は「継承」による問題です。まずは「継承」を疑ってみてください。
まずは、W3CのXSL-FO仕様の勧告にて親要素のプロパティが「継承されるものか」「されないものか」を確認してください。
親要素に指定されたプロパティには継承されるモノとされないモノがあります。継承されるプロパティは子要素にも反映されます。大抵は、この反映された結果が「意図しない書式」として表示されています。
そして、継承させたくない場合は、そのプロパティをリセット（０値を指定する等）して、継承を終わらせる必要があります。