XSL Formatter V3.3 から、axf:suppress-duplicate-footnote が実装されました。同一ページ内に複数の場所に同一の脚注があるとき、重複して表示されるのを抑止します。 詳しくはオンラインマニュアルの「拡張仕様」-「脚注」をご覧ください。
axf:suppress-duplicate-footnote