XSL Formatter V3 の拡張仕様には、axf:background-image があります。この拡張プロパティを使って、背景画像を指定することにより透かしを入れることが可能です。
axf:background-image
レイアウト機能別FO見本のグラフィックスの見本にSVGを使ったサンプルがあります。