検証結果で「署名は無効」なる原因は、

• 証明書の有効期限が切れている
• 証明書が失効している

などが考えられます。署名パネルの「プロファイル表示」で証明書の詳細を確認できます。

検証結果で「署名は不明」なる原因は、証明書チェーンの最後になるルート証明書が、Windows証明書ストアの「信頼されたルート証明機関」に入っていない場合に「不明」となります。
自己署名の証明書を使っている場合にはこの設定を外して使うか、自分でWindows証明書ストアの「信頼されたルート証明機関」にその証明書を入れる必要があります。

すでに普通署名／MDP署名（証明）が付与されているPDFファイルにMDP署名（証明）を付与することはできません。MDP署名（証明）は必ず、最初に付与する署名でなければなりません。

暗号化されていない PDF ファイルの場合には、セキュリティを設定して保存することができます。
既に暗号化されている PDF ファイルの場合には、セキュリティを変更して保存することはできません。
ただし、文書を開くパスワードと権限パスワードの両方が設定されているPDFファイルを権限パスワードを入力して開いた場合のみ、文書を開くパスワードを設定することができます。